Необходимость получения информации о последовательности нуклеотидов в ДНК во всевозрастающих масштабах поставила вопрос об автоматизации процесса секвенирования ДНК, поскольку применявшиеся до этого руч­ные методы уже не позволяли справляться с та­кими большими объемами работы. Под автоматическим секвенированием ДНК понимается в первую очередь электрофорети­ческое разделение меченых продуктов терми­нирующих реакций с помощью специальных приборов - автоматических секвенаторов ДНК. Автоматизации с помощью лабораторных био­роботов подвергаются также процесс наработ­ки матриц для их последующего ферментатив­ного секвенирования и проведение секвенирующих реакций. Первый автоматический ДНК-секвенатор был разработан в 1987 г. фир­мой Applied Biosystems (США). Для мечения вновь синтезируемых цепей ДНК в условиях терминации при автоматиче­ском секвенировании используют молекулу какого-либо флуоресцирующего соединения. К подобным соединениям предъявляется ряд требований. Во-первых, они должны иметь вы­сокий квантовый выход при флуоресценции, обеспечивающий в приборах разного типа де­текцию очень малых количеств ДНК. Во-вто­рых, у флуорофоров, используемых для мече­ния разных азотистых оснований с их после­дующей детекцией в одной дорожке секвенирующего геля или в одном капилляре, должны быть неперекрывающиеся или незначительно перекрывающиеся спектры эмиссии. В-треть­их, желательно, чтобы флуоресцентные краси­тели, используемые для разных нуклеотидов, не различались существенно по своему влия­нию на электрофоретическую подвижность ме­ченных ими фрагментов ДНК. Принцип автоматического секвенирования ДНК заключается в электрофоретическом раз­делении флуоресцентно меченных продуктов специфически терминированных секвенирующих реакций и их детекции в режиме реального времени. Детекция осуществляется в нижней части геля, где в момент прохождения фрагмен­тов ДНК происходит возбуждение молекул кра­сителя лазерным лучом. Автоматические секвенаторы ДНК управля­ются специально созданными компьютерными программами. Так, например, приборы фирмы Applied Biosystems комплектуются программа­ми сбора и анализа данных. После завершения электрофоретического разделения предвари­тельные данные, собранные программой Data Collection, подвергаются анализу с помощью специальной программы. При этом определяет­ся относительная высота пиков, соответствую­щих фрагментам ДНК, терминированным тем или иным типом нуклеотидного основания, и ликвидируются некоторые погрешности.