Связывание со специфической последовательностью ДНК - только одна из двух важных функции белков регуляции транскрипции. Кроме этого, связавшиеся белки должны вступить во взаимодействие с комплексом транскрипции, с тем чтобы инициировать или подавить процесс. Теперь мы знаем, что каждая из этих функций - связывания и регуляции может быть соотнесена с определенными белковыми доменами. Каков бы ни был фактор транскрипции, домен связывания у него относительно невелик, но высокоспецифичен; более того, домен связывания функционирует автономно, т. е. узнает и связывает родственную последовательность даже в отсутствие остальной части белковой молекулы. Напротив, домены, ответственные за регуляцию транскрипции, менее автономны и относительно неспецифичны. Они могут регулировать транскрипцию с участием широкого круга промоторов при условии, что регуляторные домены связываются вблизи последовательности TATA. Таким образом, гибридные белки, содержащие регуляторную область одного фактора транскрипции и домен связывания ДНК - другого, будут регулировать транскрипцию с промоторов, которые содержат последовательность связывания второго фактора. Это происходит даже в том случае, когда регуляторный домен и комплекс транскрипции происходят из разных источников. Здесь мы рассмотрим свойства различных регуляторных доменов и возможные механизмы их действия.