Второй распространенный вариант введе­ния делеций в кольцевые двухцепочечные ДНК in vitro заключается в том, что ДНК расщепля­ют в определенном месте рестриктазой и обра­зовавшуюся линейную молекулу обрабатывают нуклеазой Ва131, которая гидролизует молекулу ДНК с обоих концов, деградируя одновременно обе цепи. В результате можно получить боль­шой набор укороченных линейных молекул, ко­торые после циклизации в лигазной реакции формируют соответствующий набор кольцевых ДНК с делениями . Данный под­ход используется, в частности, при оптимиза­ции структуры гибридных генов.