Помимо упомянутых участков нуклеазной чувствительности активно транскрибируемые гены со держат гиперчувствительные сайты, которые находятся в пределах единиц транскрипции и вблизи них. В очищенной ДНК такие сайты гиперчувствительности к ДНКазе I отсутствуют. Сайты гиперчувствительности обычно располагаются непосредственно перед точкой начала транскрипции гена, но иногда они встречаются внутри единицы транскрипции или на ее З’-конце; напомним, что в этих местах могут находиться энхансер и терминатор транскрипции. Более того, в некоторых генах сайты гиперчувствительности к ДНКазе I находятся на значительных расстояниях слева от сайта кэпирования (например, на несколько тысяч пар оснований левее кластера генов овальбумина птиц и более чем на 20 т. п. н. левее гена р-глобина человека). В большинстве случаев сайты гиперчувствительности к действию ДНКазы I присутствуют только в ДНК тканей или клеток, в которых либо происходит, либо запрограммирована экспрессия определенного гена. Например, сайт гиперчувствительности на конце гена препроинсулина обнаружен в панкреатических p-островковых клетках поджелудочной железы и отсутствует в клетках печени. Аналогично, сайты гиперчувствительности имеются в перестроенных иммуноглобулиновых генах В-клеток, но отсутствуют в генах клеток некроветворных тканей.