К моменту появления методологии генетиче­ской инженерии колифаг Я по сравнению с дру­гими вирусами бактерий был наиболее полно изучен генетически и молекулярно-биологически. Это и обусловило то, что наряду с плазмидными векторами уже в 1974 г. появилась серия клонирующих векторов на основе фага Я. В зрелых вирионах фага Я ДНК находится в виде двухцепочечной линейной молекулы раз­мером 48 502 пн. На концах молекулы ДНК имеются взаимокомплементарные GC-обога - щенные одноцепочечные концы длиной 12 нук­леотидов (обозначаются как co. sR и cosL). Сразу после попадания в клетку фаговая ДНК циклизуется по этим концам и функционирует в клет­ке в кольцевой форме. Район ковалентно заши­тых co. sR и cosh называется cos-caumoM. Фаг Я является умеренным фагом, т. е. в зависимости от условий может развиваться в клетке либо по литическому, либо по лизогенному пути. При литическом развитии происходит лизис клеток и образуются инфекционные фаговые частицы, при лизогенном молекула ДНК фага Я интегрируется в бактериальную хромосому преимущественно в одно место между генами gal и bio и находится в так называемом состоя­нии профага. Штамм, лизогенный по какому - либо умеренному фагу, обозначается следую­щим образом: за обычным наименованием бак­териального штамма в круглых скобках указы­вается лизогенизирующий фаг, например, Е. co­li С600(Яс1857). Геном фага Я можно разделить на три основ­ные части. Левая часть включает все гены (от МЛ до J), белковые продукты которых необходимы для формирования капсидов и упа­ковки в них молекул фаговой ДНК. Централь­ная часть, расположенная между генами J и N, несущественна для логического развития фага в клетке-хозяине дикого типа. Эта область гено­ма содержит гены, участвующие в общей ре­комбинации фага (redo, и геф), сайтспецифической интеграции ДНК фага в бактериальную хромосому (int) и исключении профага из хро­мосомы (xis). Сайтспецифические рекомбинационные события происходят по особым участ­кам на ДНК фага (att) и бактериальной хромо­сомы. Правая часть генома фага Я содержит все остальные контролирующие элементы, к кото­рым, в частности, относятся гены, необходимые для репликации фаговой ДНК (О и Р) и для лизиса клеток (S и R). Приведенное здесь описание функциониро­вания генома фага А является кратким и схе­матичным. В то же время оно показывает, что фаг А имеет достаточно сложную, но хорошо изученную генетическую организацию. Для многих мутантов фага А разработаны простые методы тестирования, продемонстрирована воз­можность получения жизнеспособных делеционных вариантов. Изучен ряд близкородствен­ных лямбдоидных фагов, а также их рекомби - нантов с фагом А и между собой, возникающих in vivo при совместном инфицировании клеток Е. coli. Все это стимулировало исследования по использованию фага А и некоторых его рекомбинантов с лямбдоидными фагами в качестве клонирующих векторов. На ДНК фага А имеется пять мест расщеп­ления рестриктазой ЕсоШ, причем три из них (srlX 1. srlA3) находятся в области генов, несущественных для литического разви­тия фага. Для рестриктазы Hindlll на ДНК бак­териофага А имеется шесть мест действия, и пять из них (shnX 1 - shnXS) - в области несущественных генов. Получение векторных молекул на основе ДНК фага А сводится к введению мутаций по участкам действия рестриктаз в существенной для размножения фага области генома с сохра­нением их в несущественной области.