Несмотря на успешное развитие иммунологии, медицина не располагает данными для полного освещения патогенеза аллергических состояний. Патофизиологическую основу аллергического процесса, по мнению большинства авторов, составляет реакция антиген - антитело. Однако сущность этой реакции между антигеном и антителом пока еще не удается объяснить полностью просто химическими реакциями или физическими превращениями. Эта реакция протекает без видимых изменений в окружающей среде с невероятно большой скоростью. Если реакция протекает в среде, бедной ионами, то она не приводит к последствиям, видимым наблюдателю. Однако при физиологических условиях первая фаза основной реакции ведет ко вторичным, хорошо наблюдающимся явлениям. Если антиген растворим (белок или полисахарид), то наступает флоккуляция или преципитация. В том случае, если в качестве антигена применялись корпускулярные элементы, они агглютинируются. Если смесь клеточного антигена и антител содержит комплемент, то он фиксируется и вызывает лизис клеточных элементов. Когда антиген является бактериями, антитела усиливают их опсонизацию.

Реакция антиген - антитело в живом организме при реакциях немедленного типа вызывает паралич сосудов (в основном мелких и среднего калибра), нарушение их проницаемости или сосудистые поражения типа сывороточной болезни. Эта вторая фаза реакции протекает значительно медленнее, чем первая, и специфичность ее также значительно меньше.

Следовательно, несмотря на большую распространенность представления о реакции антиген - антитело и широкое использование этого понятия в теории аллергии, оно до настоящего времени остается гипотетическим. Несомненно одно, что в результате встречи антигена и антитела в организме происходит ряд достаточно четких клинических и морфологических изменений, вызывающих расстройства здоровья или приводящих к внезапной смерти.

В настоящее время все иммуиологически активные вещества делят на два вида: 1) полные антигены, непосредственно приводящие к образованию антител, и 2) неполные антигены, или гаптены, лишенные способности вызывать образование антител, но специфически реагирующие с ними.