Мутационный анализ, аналогичный упомянутому выше, позволил идентифицировать ICR в генах 5S-pPHK и тРНК всех исследованных эукариот. Например, было показано, что линкерные вставки в ген 5S-pPHK Drosophila между парами +46 и +65, а также между парами +76 и +98 подавляют его транскрипцию; напротив, вставки между парами +3 и +20 лишь незначительно уменьшают активность транскрипции. ICR примерно с такими же границами обнаружены в генах 5S-pPHK Bombyx. Neurospora и Saccha - romyces. Подобные исследования с модифицированными генами тРНК и использованием систем транскрипции in vitro или ооцитов Xenopus помогли установить, что для транскрипции этих генов также нужны ICR. Нуклеотидные последовательности на 5′- и З’-концах кодирующей последовательности несущественны для инициации транскрипции. При помощи делеций и линкерных вставок идентифицированы две существенные области, положение которых мало различается у генов разных тРНК независимо от вид. Одна из них, А-бокс, локализована в области примерно от +10 до +20 пар оснований, а другая, В-бокс,-между парами оснований + 50 и +65. Нуклеотидные последовательности А - и В-боксов варьируют, а их каноническими последовательностями являются соответственно 5′-TGGCNNAGTGG-3′ и 5′-GGTCGANNC-3 Ну - клеотидная последовательность участка между А - и В-боксами несущественна, важна лишь его длина. Если расстояние между боксами становится меньше 25 или больше ~60 пар оснований, то активность транскрипции снижается, а если это расстояние превышает 100 пар оснований или если А - и сливаются, то транскрипция полностью блокируется. Аналогичная конструкция, состоящая из двух частей, А - и В-боксов, встречается в кодирующих областях генов 7SL-PHK и четырех генов низкомолекулярных РНК в геномах аденовируса и вируса Эпштеина - Барр. Нуклеотидные последовательности А - и В-боксов не только существенны для транскрипции, но и необходимы для формирования вторичной структуры тРНК: А-бокс кодирует часть D-стебля и петли, а В-бокс-TvjUG-петлю и стебель. Участие обеих последовательностей в транскрипции генов тРНК и формировании правильной структуры молекул тРНК, которые нужны для синтеза белка, интересно с точки зрения эволюции этих генов. В самом деле, если пару оснований CG в позиции 56 гена TPHKtyr заменить на пару GC, что означает замену С на G в TijUG-петле, то соответствующий ген не будет транскрибироваться.