Основную информацию о механизме сплайсинга ядерной про-мРНК удалось получить благодаря тому, что в распоряжении исследователей имелись клонированные прерывистые гены. Особенно полезным оказалось изучение модифицированных форм этих генов. При установлении структурных особенностей, необходимых для успешного сплайсинга, используют также специально сконструированные элементы, состоящие из соединенных специфических последовательностей экзонов и интронов. Но самым информативным оказался биохимический подход с использованием клеточных экстрактов, обеспечивающих сплайсинг, и последующей очисткой компонентов аппарата сплайсинга. Особенно важную роль сыграло применение кэпированных РНК - субстратов, полученных в результате транскрипции специальным образом сконструированных ДНК - матриц, встроенных справа от промотора фага SP6, при помощи специфической РНК-полимеразы SP6. Общие свойства. Сплайсинг ядерных про-мРНК осуществляется в ядре, возможно, одновременно с транскрипцией для одних генов и лишь после завершения транскрипции для других. Есть свидетельства в пользу того, что на этот процесс влияет кэпирование 5′-конца транскрипта, хотя неясно, почему: в полиаденилировании РНК явно нет необходимости. Главная проблема, и концептуальная, и практическая, состоит в том, каким образом происходит сплайсинг про-мРНК с множественными интронами, в результате которого соседние экзоны соединяются друг с другом. Поскольку известно, что 5′-сайт сплайсинга одного интрона может присоединяться к З’-сайту сплайсинга другого, важно понять, каким образом это предотвращается в процессе нормального вырезания интронов и как стимулируется при альтернативных способах сплайсинга.