Правило, кодирующие области генов 18S-, 5,8S - и 28S-pPHK эукариот сгруппированы в указанном порядке в одну транскрипционную единицу. Все три РНК образуются из длинного транскрипта-предшественника в результате процессинга, включающего расщепление РНК эндонуклеазами и метилирование как нуклеотидов, так и 2′-гидроксильных групп. Полная транскрипционная единица содержит два некодирующих спейсера (называемых внутренними транскрибируемыми спенсерами, ITS), которые разделяют три кодирующие области, а также имеет некодирующие участки перед первым геном 18S - рРНК и за последним геном 28S-pPHK (эти участки называются внешними транскрибируемыми спенсерами, ETS). У эукариот длина и нуклеотидная последовательность рРНК варьируют весьма незначительно, так что межвидовые различия по размеру транскрипционной единицы обусловливаются различиями в длине спейсерных участков. Сегменты ДНК по обе стороны от сайта инициации транскрипции на 5′-конце ETS существенны для транскрипции ДНК при участии РНК-полимеразы I. В отличие от кодирующих областей, сходных между собой, для этих последовательностей характерно сильное видовое различие. Возможно, такие различия связаны с видоспецифичной активностью РНК - полимеразы I, которой для взаимодействия с этими последовательностями необходимы видоспецифич – ные факторы транскрипции. Тандемное расположение генов рРНК.
Число копий рДНК у многих организмов было определено в экспериментах по гибридизации в условиях насыщения, с использованием в качестве зонда чистой рРНК. В большинстве случаев копии рДНК в хромосоме организованы в виде тандемного повтора, образующего протяженный кластер. Эти кластеры часто локализованны в нескольких хромосомах. Единицы транскрипции рДНК в пределах этих кластеров разделены межгенными спенсерами, или IGS. Длина каждого IGS варьирует от 2 т. п. н. у дрожжей до 30 т. п. н. у млекопитающих, соответственно варьирует и общая длина повторяющейся единицы, включая единицу транскрипции и 1GS. Нуклеотидные последовательности самих IGS также весьма сильно различаются от вида к виду.