До сих пор, говоря о сплайсинге, мы рассматривали внутримолекулярные, или iмс-реакции. А существует ли межмолекулярныи. или транс-сплайсинг? Иными словами, может ли происходить лигирование двух экзонов, находящихся в разных молекулах РНК, с одновременным удалением фланкирующих их интронов? Принци пиальная возможность межмолекулярного сплаисинга действительно продемонстрирована в опытах in vitro со специально сконструированными РНК - субстратами. Более того, как оказалось, транс - сплайсинг является важным этапом внутриклеточного образования всех мРНК у Trypanosoma и трех из четырех мРНК активных генов у С. elegans. В каждом случае сайты сочленений относятся к каноническому типу: GU в 5′-сочленении и AG в З’-сочленении. Более того, в качестве продукта образуется разветвленная структура. Для демонстрации транс-сплайсинга in vitro были разработаны два экспериментальных подхода. В первом случае 5′-экзон и сегмент фланкирующего его интрона находятся на одной РНК, а З’-экзон и связанный с ним интрон на второй. Эти РНК удерживаются вместе благодаря комплементарному спариванию двух сегментов интронов. Эффективность правильного соединения экзонов и удаления сегментов интронов в клеточных экстрактах составляет примерно 15 от эффективности, наблюдаемой в том случае, когда интроны находятся в одной и той же молекуле РНК. Итак, ни наличие вторичной структуры, ни ковалентные разрывы в интроне не препятствуют сплаисингу. Второй эксперимент также основан на комплементарное™ последовательностей в двух интронах, что позволяет соединить соответствующие РНК. В этом случае могут образоваться четыре продукта сплайсинга: два в результате транс-сплайсинга и два в результате гнс-сплайсинга. При сплайсинге in vitro такого субстрата получаются 5′-адено-адено-3′- (wранс-сплайсинг) и 5′-глобин - адено-3′- (iмс – сплаисинг)-продукты. Продукты цис - сплайсинга 5′-адено-глобин-3′ и транс-сплайсинга 5′-глобин-глобин-3′ тоже образуются, но в меньших количествах, вероятно, из-за близости стебля из спаренных оснований к точке разветвления интрона.