Нуклеотидные последовательности членов данного семейства повторов могут быть как идентичными, так и различаться по одной и более парам оснований. В последнем случае говорят о полиморфных последовательностях. В некоторых семействах такая дивергенция последовательностей весьма значительна. Применительно к более или менее сходным между собой членам семейств используют термины «подсемейства» и «надсемейства». Степень дивергенции членов разных семейств можно определить с помощью четырех методов, расположенных в порядке увеличения точности оценки: 1) сравнение карт рестрикции; 2) определение способности членов разных семейств к гибридизации; 3) измерение температуры плавления гибридных дуплексов, которые образуют между собой члены семейств; 4) сравнение нуклеотидных последовательностей. В жестких условиях отжига (относительно высокая температура-около 65 С и низкая ионная сила - примерно 0,45М NaCl) дуплексы обычно образуются только между сегментами ДНК, комплементарными не менее чем на 85. При понижении температуры и увеличении ионной силы отжигаются сегменты с меньшей гомологией. Стабильность образующихся гетеро - дуплексов оценивается путем измерения их температуры плавления. Как правило, понижение температуры плавления на 1 С соответствует 1 неспарившихся оснований. Если последовательности в дуплексе идентичны, то он называется гомологичным. Однако термин «гомологичные» часто используется применительно к сходным но не идентичным сегментам ДНК. Часто для указания степени идентичности последовательностей применяют качественный показатель (например, высокая гомология означает высокую степень сходства). Количественная оценка гомологии применима в тех случаях, когда известны нуклеотидные последовательности. Так, говорят, что два сегмента ДНК гомологичны на 70 (имеют 70-ное сходство), если 70 пар оснований (или нуклеотидных остатков) у них идентичны и коллинеарны. Такой подход вытекает из определения гомологичности хромосом, однако он отличается от принятого в биологической литературе по эволюции. Там гомология, как правило, означает, что морфологические структуры или последовательности имеют общего предка, и процентная гомология теряет смысл. Хотя последовательности ДНК, гомологичные на 70 и даже на 30, скорее всего происходят от общей предковой последовательности ДНК, они могут быть и неродственными. Таким образом, термин «процентная гомология», используемый в молекулярно-генетической литературе и в данной книге, двусмыслен. Термин «процент сходства», которым мы также пользуемся, однозначен, но встречается в литературе довольно редко.